#NEXUS

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Trees produced according to the methods described in the paper by PS Pang, PJ Planet, and JS Glenn. Do not reproduce or use without permission. Contact jsglenn@stanford.edu for additional information or questions.

Outgroup taxa label: Hepatitis_GB_virus_B

HCV taxa labels follow the general nomenclature of the European HCV database (http://euhcvdb.ibcp.fr/euHCVdb/):

For NJ and ML Trees: genotype, subgenotype if known, accession number
	
For MP trees: accession number, genotype, subgenotype if known

The type of tree and other relevant information is included in the tree label.

]


BEGIN trees;
TREE 'Neighbor-Joining Tree on NT Dataset' = (D6kDQ27889:0.5,(((((((((D6DQ278892:1.0,(6gDQ314806:1.0,6gD63822:1.0):1.0):1.0,((((6qEF424625:1.0,6eDQ314805:1.0):1.0,(6pEF424626:1.0,6oEF424627:1.0):1.0):1.0,(6EF424629:1.0,6dD84263:1.0):1.0):1.0,(6fDQ835764:1.0,6fDQ835760:1.0):1.0):1.0):1.0,((6bD84262:1.0,((((((((6aY12083:1.0,((6aDQ480522:1.0,6aDQ480521:1.0):1.0,(((6aDQ480520:1.0,(6aDQ480519:1.0,6aAY859526:1.0):1.0):1.0,6aDQ480513:1.0):1.0,6aDQ480515:1.0):1.0):1.0):1.0,6aDQ480517:1.0):1.0,6aDQ480516:1.0):1.0,6aDQ480512:1.0):1.0,6aDQ480523:1.0):1.0,6aDQ480514:1.0):1.0,6aDQ480518:1.0):1.0,6aDQ480524:1.0):1.0):1.0,(((5aY13184:1.0,5aAF064490:1.0):1.0,(((4dDQ516083:1.0,4dDQ418786:1.0):1.0,(4aY11604:1.0,(((4aDQ516084:1.0,((4aDQ418789:1.0,(4aDQ418788:1.0,4aDQ418783:1.0):1.0):1.0,4aDQ418787:1.0):1.0):1.0,4aDQ418782:1.0):1.0,4aDQ418784:1.0):1.0):1.0):1.0,((1dAJ851228:1.0,(((((((((1bX61596:1.0,(((((((1bD50484:1.0,1bD50482:1.0):1.0,1bAB049089:1.0):1.0,1bAB049087:1.0):1.0,(1bAF207768:1.0,1bAB049092:1.0):1.0):1.0,(((1bAF165056:1.0,1bAF165055:1.0):1.0,1bAB191333:1.0):1.0,((1bAF165048:1.0,1bAF165047:1.0):1.0,1bAB016785:1.0):1.0):1.0):1.0,(((1bAF207771:1.0,(1bAF207757:1.0,(((1bAF207755:1.0,1bAF165046:1.0):1.0,1bAF165045:1.0):1.0,(1bAF165054:1.0,1bAF165053:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,1bAB049094:1.0):1.0,1bAB049096:1.0):1.0):1.0,((1bAF207773:1.0,(1bAF165064:1.0,1bAF165063:1.0):1.0):1.0,(1bAF207764:1.0,1bAB049095:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,1bAB049090:1.0):1.0,(1bD89815:1.0,((1bD45172:1.0,1bAY587016:1.0):1.0,1bD30613:1.0):1.0):1.0):1.0,(1bM84754:1.0,(((1bD50483:1.0,1bD50480:1.0):1.0,(1bAF208024:1.0,1bAF207766:1.0):1.0):1.0,1bAB049101:1.0):1.0):1.0):1.0,(((1bU16362:1.0,1bM96362:1.0):1.0,((((((((((1bU01214:1.0,1bD63857:1.0):1.0,1bD10934:1.0):1.0,(1bD14484:1.0,1bAB049099:1.0):1.0):1.0,(((((((((1bD85516:1.0,1bAB080299:1.0):1.0,(1bAF165060:1.0,1bAF165059:1.0):1.0):1.0,1bAB049100:1.0):1.0,1bAF207767:1.0):1.0,1bAF207763:1.0):1.0,(1bAF207756:1.0,1bAB049097:1.0):1.0):1.0,((((1bAY045702:1.0,(1bAF165062:1.0,1bAF165061:1.0):1.0):1.0,(1bAF207765:1.0,1bAF207762:1.0):1.0):1.0,((1bAF165058:1.0,1bAF165057:1.0):1.0,(1bAF165050:1.0,1bAF165049:1.0):1.0):1.0):1.0,(((1bAF207770:1.0,1bAF207752:1.0):1.0,(1bAF165052:1.0,1bAF165051:1.0):1.0):1.0,1bAF207759:1.0):1.0):1.0):1.0,(1bAF207754:1.0,((1bAF207753:1.0,1bAB049088:1.0):1.0,1bAB049091:1.0):1.0):1.0):1.0,1bAB049093:1.0):1.0):1.0,((1bD90208:1.0,1bD89872:1.0):1.0,(1bD11355:1.0,1bD11168:1.0):1.0):1.0):1.0,(1bL02836:1.0,(1bAF207772:1.0,1bAF207769:1.0):1.0):1.0):1.0,(((1bS62220:1.0,1bAF139594:1.0):1.0,(1bAF207774:1.0,1bAB049098:1.0):1.0):1.0,(1bM58335:1.0,1bAF333324:1.0):1.0):1.0):1.0,1bAY460204:1.0):1.0,1bEF407498:1.0):1.0,(1bDQ071885:1.0,((1bD13558:1.0,(1bD10750:1.0,((1bAF054250:1.0,(1bAF054248:1.0,1bAF054247:1.0):1.0):1.0,1bAF054249:1.0):1.0):1.0):1.0,1bAF207758:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,1bAY587844:1.0):1.0):1.0,((((1bEF407504:1.0,1bEF407502:1.0):1.0,(((((1bEF407501:1.0,1bEF407488:1.0):1.0,(1bEF407483:1.0,1bEF407460:1.0):1.0):1.0,1bEF407464:1.0):1.0,1bEF407478:1.0):1.0,1bEF407467:1.0):1.0):1.0,(((((((((1bEF407503:1.0,1bEF407492:1.0):1.0,1bEF407490:1.0):1.0,((1bEF407499:1.0,((1bEF407485:1.0,1bEF407469:1.0):1.0,((1bD50485:1.0,1bD50481:1.0):1.0,1bAF207760:1.0):1.0):1.0):1.0,((1bEF407493:1.0,((1bEF407481:1.0,(1bAJ238800:1.0,1bAJ238799:1.0):1.0):1.0,1bEF407463:1.0):1.0):1.0,((((((((((((1bAF313916:1.0,((1bAB154206:1.0,1bAB154205:1.0):1.0,((1bAB154190:1.0,1bAB154189:1.0):1.0,(1bAB154178:1.0,1bAB154177:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,((1bAB154200:1.0,1bAB154199:1.0):1.0,(1bAB154180:1.0,1bAB154179:1.0):1.0):1.0):1.0,(1bAB154186:1.0,1bAB154185:1.0):1.0):1.0,(1bAB154182:1.0,1bAB154181:1.0):1.0):1.0,(1bAB154192:1.0,1bAB154191:1.0):1.0):1.0,((1bAB154204:1.0,1bAB154203:1.0):1.0,(1bAB154184:1.0,1bAB154183:1.0):1.0):1.0):1.0,(1bAB154188:1.0,1bAB154187:1.0):1.0):1.0,(1bAB154196:1.0,1bAB154195:1.0):1.0):1.0,(1bAB154202:1.0,1bAB154201:1.0):1.0):1.0,(1bAB154198:1.0,1bAB154197:1.0):1.0):1.0,(1bAB154194:1.0,1bAB154193:1.0):1.0):1.0,1bAF207761:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,(((1bEF407494:1.0,(1bEF407472:1.0,1bEF407465:1.0):1.0):1.0,1bEF407486:1.0):1.0,1bEF407468:1.0):1.0):1.0,((1bEF407484:1.0,1bEF407459:1.0):1.0,1bEF407471:1.0):1.0):1.0,(1bEF407495:1.0,1bEF407470:1.0):1.0):1.0,(1bEF407477:1.0,1bEF407475:1.0):1.0):1.0,1bEF407479:1.0):1.0,((((1bEF407497:1.0,1bEF407482:1.0):1.0,1bEF407461:1.0):1.0,(1bEF407476:1.0,1bEF407462:1.0):1.0):1.0,1bEF407480:1.0):1.0):1.0):1.0,((1bEF407491:1.0,1bEF407487:1.0):1.0,(1bAJ000009:1.0,1bAF176573:1.0):1.0):1.0):1.0):1.0,(1bU45476:1.0,(1bAJ132997:1.0,1bAJ132996:1.0):1.0):1.0):1.0,1bAF356827:1.0):1.0,1bAF483269:1.0):1.0):1.0,(((1D14853:1.0,1AY051292:1.0):1.0,1AY651061:1.0):1.0,(((((((((((((((((((((1aM67463:1.0,((1aAF011753:1.0,1aAF011751:1.0):1.0,1aAF009606:1.0):1.0):1.0,1aAF011752:1.0):1.0,1aAF290978:1.0):1.0,(1aM62321:1.0,1aAF271632:1.0):1.0):1.0,1aEF621489:1.0):1.0,1aEF407423:1.0):1.0,1aEF407440:1.0):1.0,1aEF407425:1.0):1.0,1aEF407442:1.0):1.0,((1aEF407453:1.0,(1aEF407437:1.0,1aEF407432:1.0):1.0):1.0,1aEF407446:1.0):1.0):1.0,1aEF407449:1.0):1.0,(1aEF407441:1.0,1aEF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TREE 'Maximum Parsimony Tree on AA+NT Dataset with Bremer' = 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TREE 'Maximum Parsimony Tree on NT Dataset' = 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TREE 'Maximum Parsimony Tree on AA Dataset' = 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TREE 'Maximum Likelihood Tree on NT Dataset with Bootstraps' = 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TREE 'Maximum Likelihood Tree on AA Dataset' = 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